Lyseon rehtorin ja apulaisrehtorin tavoitteena on yhteistyössä valmistella, suunnitella sekä kehittää lyseon lukion toimintaa. Rehtori vastaa koulun toiminnasta, taloudesta ja ylioppilaskirjoitusten järjestämisestä. Hän vastaa myös tulevan lukuvuoden suunnittelusta ja sijaisten hankkimisesta. Rehtori on myös Multiprimuksen lukion pääkäyttäjä ja KOSKI-pääkäyttäjä. Apulaisrehtorin tehtävänä on työskennellä rehtorin työparina koulun hallintoon liittyvissä asioissa. Lisäksi apulaisrehtori vastaa opetustilojen käytön suunnittelusta, ryhmänohjauksen koordinoinnista ja lukuvuoden kalentereiden laatimisesta. Rehtori vastaa yo-kokeiden käytännön järjestelyistä yhdessä henkilöstön kanssa.
Koulun toimintakulttuuria ja henkilöstön keskinäistä vuorovaikutusta kehitetään edelleen. Lyseon kehittämisryhmä kokoontuu aina ennen opettajainkokouksia – ja tarpeen mukaan – valmistelemaan sekä opettajainkokouksissa käsiteltäviä asioita että muita ajankohtaisia asioita. Kaikki opettajat kuuluvat työryhmiin ja teemaryhmiin, joiden puheenjohtajina kehittämisryhmän jäsenet toimivat. Kehittämisryhmän jäsenille on jaettu eri vastuualueita, joista he huolehtivat yhteistyössä muun henkilökunnan kanssa.
Savonlinnan lyseon lukion laatukäsikirja23.2.2024